Όταν ο Ιωάννης Καποδίστριας ανέλαβε την διακυβέρνηση του νεοσύστατου τότε ελληνικού κράτους, ένα από τα ζητήματα που προέκυψαν και έπρεπε να αντιμετωπιστούν, ήταν το πως θα συλλέγουν και θα διαφυλαχθούν οι αρχαιότητες. Πρόκειται για μια εποχή που οι δομές του κράτους είναι ανύπαρκτες, για μια εποχή που ουσιαστικά ένα κράτος γεννιέται από το μηδέν. Παρόλα τα συσσωρευμένα προβλήματα, ο Ιωάννης Καποδίστριας μεριμνά για την λειτουργία αρχαιολογικού μουσείου. Έτσι το 1829 ιδρύεται το αρχαιολογικό μουσείο της Αίγινας το οποίο είναι και το πρώτο Μουσείο της Ελλάδας.
Για τον σκοπό της στέγασης του αρχαιολογικού μουσείου διατέθηκαν κτίρια, που αρχικά δεν είχαν κατασκευαστεί για αυτό τον σκοπό. Έτσι οι αρχαιότητες που μαζεύτηκαν από την Αίγινα και τις γύρω περιοχές, στεγάστηκαν αρχικά στο Κυβερνείο, αργότερα στο "Ορφανοτροφείο" το γνωστό έως πρόσφατα και σαν "Φυλακές της Αίγινας" και από το 1926 έως το 1980 στο Εϋνάρδειο, δίπλα στη Μητρόπολη του νησιού. Θα πρέπει να τονιστεί ότι κατά την ίδρυση του αρχαιολογικού Μουσείου των Αθηνών, πολλά αντικείμενα μεταφέρθηκαν από το μουσείο της Αίγινας εκεί και τελικά στο αρχαιολογικό Μουσείο του νησιού, παρέμειναν εκθέματα της ντόπιας αρχαιολογικής κληρονομιάς.
Από το 1980 και μετά το μουσείο μεταφέρθηκε στη θέση που είναι σήμερα, δηλαδή στο κτίριο στην Κολόνα, κοντά στον Ναό (4-5 λεπτά με τα πόδια από το κεντρικό λιμάνι). Το κτίριο είναι δωρεά Βαυαρών αρχαιολόγων, που αγαπούν και μελετούν την ιστορία της Αίγινας. Στις αίθουσες του ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει μια μεγάλη ποικιλία εκθεμάτων από την νεολιθική, ακόμη και την προϊστορική εποχή. Εντύπωση προκαλούν αγγεία από την Κρήτη και τις Κυκλάδες, που μαρτυρούν την ισχυρή εμπορική δραστηριότητα και την πολιτιστική ανταλλαγή που αυτή επέφερε. Έτσι κι αλλιώς η θάλασσα κυριαρχεί σε πολλές από τις αναπαραστάσεις των γλυπτών.
Ένα από τα πιο σημαντικά εκθέματα του αρχαιολογικού Μουσείου της Αίγινας είναι το άγαλμα της Σφίγγας. Πρόκειται για ένα πολύ ιδιαίτερο γλυπτό, με κεφάλι γυναίκας και σώμα μισό αετού, μισό λιονταριού. Η Σφίγγα της Αίγινας προέρχεται από τις ανασκαφές στην Κολόνα το 1903.
Τέλος στις προθήκες του μουσείου, εντυπωσιάζουν τα εργαλεία, αλλά και τα αντικείμενα από την καθημερινή ζωή.
Το τηλέφωνο του Αρχαιολογικού Μουσείου της Αίγινας είναι το 22970 22637.